მთავარი გმირი, ჯინ საკაი (დაისუკე ცუჯი / კაზუია ნაკაი), არის საკაის კლანის ხელმძღვანელი და ერთადერთი დარჩენილი წევრი და სამურაი მეომარი. ის არის ლორდ შიმურას (ერიკ სტეინბერგი / აკიო ოცუკა), ცუშიმას ჯიტოს ძმისშვილი და მფარველი. ის ხვდება რამდენიმე მეგობარს და თანამგზავრს, მათ შორის ქურდს სახელად იუნა (სუმალე მონტანო / იუ მიზუნო), მის მჭედელ ძმას ტაკას (ედი შინ / კაპეი იამაგუჩი), მეომარს ქალს, სახელად ლედი მასაკო ადაჩის (ლორენ ტომი / მაბუკი ანდო), ცნობილი კიუდოს მშვილდოსანი. სენსეი სადნობუ
მთავარი ამბავი ვითარდება იტალიის ომების დროს, რომელიც მოიცავს 1500-1507 წლებს და გრძელდება Assassin's Creed II-ის მოვლენებიდან, როდესაც ეცო, ტამპლიერების წინააღმდეგ ბრძოლას (მძლავრი ბორჯიას ოჯახის მეთაურობით) რომში წაიყვანს, სადაც ის ცდილობს აღადგინოს ასასინთა საძმო იტალიაში და გაათავისუფლეთ ქალაქი...
